Les cépages sont nombreux . Les vins sont des vins d'assemblage de cépages principaux et complémentaires.

L'influence océanique, méditerranéenne et pyrénéenne influence l'encépagement et permet d'utiliser des cépages du nord et du sud plus ou moins tardifs. Dans le Limouxin (Limoux) sont présents trois cépage allochtones : le mauzac ( cépage gaillacois), le chenin (cépage de Loire) et le chardonnay (cépage bourguignon) et pinot noir (cépage bourguignon) pour le Crémant de Limoux.

Le cépage mauzac est utilisé pour élaborer la Blanquette de Limoux.

Dans les autres appellations :

Les vins sont des vins d'assemblage de cépages principaux, complémentaires et accessoires.

Cépages principaux sont pour vins traditionnels : 
Cabernet franc, cabernet-sauvignon, carignan, grenache noir, merlot , syrah. pour les rouges et les rosés.

Clairette, Bourboulenc, grenache blanc, macabeu, marsanne, roussanne, vermentino pour les blancs

Cépages principaux sont pour  Vins Doux Naturels blancs : 
 Muscat à petits grains